Osnivački kongres Nove komunističke partije Jugoslavije (NKPJ) održan je 30. juna 1990. godine u Beogradu. Kongres (Osnivačka skupština) je održan u sali Saveza inžinjera i tehničara Srbije, uz učešće 265 delegata iz svih republika Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije. Prisutni delegati su doneli odluka da Partija dobije ime Novi komunistički pokret Jugoslavije (NKPJ). To ime je bilo aktuelno sve do 1995. godine, kada je promenjeno u današnje, Nova komunistička partija Jugoslavije (NKPJ).
Na Prvom kongresu odlučeno je da najviši organ NKPJ bude Viši politički savet, a njegov izvršni organ Sekretarijat. Na Kongresu, i nešto kasnije, izabrani su i kooptirani u Sekretarijat: Branislav – Branko Kitanović, Aleksandar Jovanović, Dragutin Vukićević, Radonja Vešović, Živan – Džina Radovanović, Vaso Ivanović, Mihajlo Renovčević, Milan Nikolić, Veselin Popović, Petar Šušnjar, Vladimir Ivanović, Adem Omerkić, Milivoje Stefanović – Dolinski, Milojko Lukić, Božo Delibašić, Radomir Mrdaković, Radoica Tautović, Nada Krajger, Vladimir Andrejević, Mirčeta Sertalić, i po još jedan član iz Hrvatske i Makedonije. Kasnije je u Sekretarijat koptiran Vlastimir Jovanović. Za generalnog sekretara NKPJ izabran je Branko Kitanović a za predsednika Radonja Vešović.
U februaru 1991.godine osmočlana delegacija NKPJ bila je gost Komunističke partije Sovjetskog Saveza (KPSS) na poziv članova rukovodstva KPSS koji su bili protivnici izdajničke linije Gorbačova Jakovljeva i Ševarnadzea.
U januara 1993. osnovan je Savez komunističke omladine Jugoslavije (SKOJ) kao nastavljač revolucionarnih i slobodarskih tradicija nekadašnjeg SKOJ-a koji je ukinut 1948. godine.
Drugi kongres NKPJ održan je u Beogradu aprila 1991. godine u Pedagoškoj akademiji. Na kongresu je došlo do oštrog generalnog sukoba između marksističko-lenjinističke linije ogromne većine članova Partije i Sekretarijata i socijal-demokratske i karijerističke orijentacije izrazite manjine. Kongres se završio porazom socijal-demokratske i karijerističke grupe koja je bila prinuđena da napusti Partiju. U toj grupi je bio i predsednik Radonja Vešović. Nakon njegovog izlaska iz Partije niko više nije biran na funkciju predsednika (koja je u praksi imala počasni karakter) a kasnije je izmenama izbačena iz Statuta NKPJ.
Na aprilskom plenumu 1992.godine odlučeno je da NKPJ uspostavi kontakt sa obe komunističke partije koje su formirane u Rusiji posle raspada SSSR-a krajem 1991.godine. Posle toga u Moskvu je otputovala delegacija NKPJ predvođena generalnim sekretarom Brankom Kitanovićem, koja je uspostavila saradnju sa ruskim kom-partijama.
U februaru 1993.godine delegacija NKPJ učestvovala je u Pjongjangu (DNR Koreja) na konferenciji komunističkih partija iz celog sveta. Na konferenciji NKPJ je potpisala zajedničku deklaraciju u kojoj su iznete ocene o razbijanju SSSR-a i socijalizma u Istočnoj Evropi.
Krajem februara 1993. godine predstavnici NKPJ kao jedini strani delegati, prisustvovali su u Moskvi na Osnivačkom kongresu Komunističke partije Ruske Federacije (KPRF). Na lokalnim izborima u maju 1992. godine NKPJ osvaja jedno odborničko mesto u Skupšini opštine Požarevac. Na decembarskim opštim izborima iste godine, na kojima je učestvovala i pro-imperijalistička buržoaska opozicija koja je bojkotovala opšte majske izbore, NKPJ osvaja dva odbornika u Skupštini opštine Požarevac. Na godišnjoj konferenciji 21. decembra 1995. godine usvojeni su novi Statut i Program NKPJ. Na saveznim izborima 1996. godine (izbori za Veće građana Skupštine SR Jugoslavije) u izbornoj jedinici Zrenjanin NKPJ osvaja oko 11.000 glasova i Partiji za dlaku izmiče ulazak u savezni parlament. Nezvanično se spekulisalo da je NKPJ koja nije imala svog predstavnika u izbornoj komisiji izborne jedinice Zrenjanin dobila veći broj glasova od zvanično saopštenog, odnosno da je izborila ulazak u Skupštinu SRJ, to jest da su Partiji glasovi pokradeni. Nosilac izborne liste u Zrenjaninu, član Centralnog komiteta NKPJ drug Slobodan Milošev je osvojio odbornički mandat u Skupštini opštine Nova Crnja. S obzirom da je NKPJ prihvatila koaliciju sa Socijalističkom partijom Srbije (SPS) koja nije mogla samostalno da formira vlast u Novoj Crnji, Milošev je izabran na funkciju potpredsednika Skupštine opštine Nova Crnja.
U martu 1997. godine izlazi prvi broj lista “Novi komunist”, organa Centralnog komiteta Nove komunističke partije Jugoslavije. Treći kongres Partije održan je 1. aprila 2001. godine u Beogradu, u Nemanjinoj 34, gde su se nalazile tadašnje prostorije NKPJ. Na kongresu je usvojena Rezolucija u kojoj se konstatuje da je u zemlji izvršena kontrarevolucija, uz spregu imperijalista i domaćih reakcionarnih snaga.
Period od 5. oktobra 2000. godine za NKPJ predstavlja najteži period u postojanju jer je Partija izložena gotovo potpunoj informativnoj blokadi i brojnim diskriminacijama. Veliki udarac za Partiju predstavlja i oduzimanje prostorija u Nemanjinoj 34 u maju 2011. godine u kojima je NKPJ boravio od jula 1991. godine. Tadašnji buržoaski pro-imperijalistički režim Demokratske stranke smatrao je da će oduzimanjem prostorija NKPJ umrtviti rad komunista u periodu svetske kapitalističke krize, međutim Partija je vladajućoj eksploatatorskoj klasi pokazala da je “tvrd orah” uspešno nastavivši sa delovanjem iz nove centale u Ustaničkoj 17. Nenadoknadiv gubitak NKPJ je pretrpela u decembru iste godine kada je iz njenih borbenih redova smrt istrgla osnivača i prvog generalnog sekretara Partije druga Branka Kitanovića. Iako teško pogođena nenadomestivim gubitkom druga Kitanovića jednog od najuvaženijih i najpriznatijih lidera međunarodnog komunističkog pokreta, Partija je neumorno nastavila da korača putem koji je zacrtao njen osnivač. U januaru 2012. godine održana je uspešna godišnja konferencija NKPJ pod nazivom “Nastavljamo liniju, jačamo Partiju” na kojoj je izabrano novo rukovodstvo.
