Нова комунистичка партија Југославије има своје дугорочне и краткорочне циљеве. Дугорочни циљ НКПЈ је рушење постојећег капиталистичког друштвеног система и стварање социјалистичке алтернативе и комунистичке перспективе. Дугорочни циљ је потпуно уништење експлоатације туђег рада и развлашћење паразитске класе капиталиста која бестидно стиче профит на зноју и крви пролетаријата. Један од основних предуслова за обнову социјализма у Европи је јачање комунистичких снага у првој земљи социјализма Русији, односно на простору некадашњег Совјетског Савеза. НКПЈ подсећа да је управо привремени распад СССР-а, узрокован пре свега издајом руководства на челу са Михаилом Горбачовом, означио, исто тако само привремени, слом социјализма у земљама Европе, међу њима и наше домовине Југославије. Као свој дугорочни циљ НКПЈ пред себе поставља и задатак обнове Социјалистичке Федеративне Републике Југославије коју је разбио западни империјализам уз помоћ својих слугу из редова домаће пете колоне. Као комунисти ми се залажемо за обнову СФРЈ, не само из разлога социјалистичког патриотизма ( јер је СФРЈ била прва држава на нашим просторима у којој је извојевана револуција, односно у којој је на власт дошла радничка класа) већ и зато што непоколебљиво сматрамо да је уједињени југословенски простор препрека агресивним империјалистичким плановима у нашем региону, као и историјска тежња и најоптималнија солуција за живот и просперитет свих југословенских народа и националних мањина. Као Партија која се руководи принципима пролетерског интернационализма и наступа под паролом “Пролетери свих земаља уједините се” НКПЈ се бори за победу социјализма на глобалном нивоу, односно да цео свет постане социјалистички и започне изградњу комунизма.
Краткорочни циљ НКПЈ представља улазак у парламент Србије, као и улазак у парламенте свих бивших југословенских република у којима делује како би буржоаска скупштина била искоришћена као трибина за агитацију комунистичких идеја, ставова а против капитализма и империјализма. НКПЈ се у оквиру својих краткорочних циљева залаже за заустављање реакционарног процеса приватизације и деприватизацију имовине која је досад преведена у руке приватних власника – експлоататора како страних тако и домаћих капиталиста. НКПЈ полази од необориве чињенице да је свака приватизација пљачка и да нема поштене приватизације. НКПЈ је у првим редовима истинског класно оријентисаног синдикалног покрета који одбацује реакционарну паролу о “социјалном дијалогу” између буржоаске државе и послодаваца са једне и пролетаријата са друге стране. Нема мира и помирења међу класама. Само укидањем експлоатације туђег рада коју према радничкој класи примењују паразитски трутови капиталисти и њихови помагачи буржоаски политичари могу се створити услови за истинску слободу и просперитет људи који живе од свог рада. НКПЈ се залаже за стварање уједињеног анти-империјалистичког фронта свих југословенских народа као и свих народа Балкана за протеривање западних имепријалиста са простора нашег региона. НКПЈ категорички захтева да НАТО окупационе трупе напусте територију Косова и Метохије, које представља неотуђив део Србије, као и територије Босне и Херцеговине и Македоније. Одлазак империјалистичких окупационих трупа са простора нашег региона представља први предуслов за поново уједињење југословенског простора и обнављање наше социјалистичке домовине, СФРЈ. НКПЈ пропагира идеје југословенског патриотизма и пролетерског интернационализма и у том смислу залаже се за пораз свих национал-шовинистичких идеологија које за циљ имају да поделе и заваде југословенске народе, као и пораз фашистичких, расистичких и ксенофобних идеја које су се појавиле на нашим просторима , нарочито након победе Петооктобарске контрареволуције 2000. године у Србији. НКПЈ истиче да наш народ никада није испољавао ксенофобију и да они који је шире неће бити прихваћени већ ће напротив бити одбачени. Снаге прогреса су већ једном победиле фашизам и расизам на простору Југославије, у току Другог светског рата, па таква судбина очекује и оне који данас пропагирају те реакционарне идеологије, настале као деформација и извитоперење капиталистичког друштвеног система.